民國年間置馬廠鄉(xiāng)馬廠保；1949年廢除保甲制，置城關區(qū)馬廠鄉(xiāng)；1952年置馬廠區(qū)馬廠鄉(xiāng)；1955年成立馬廠農業(yè)生產合作社；1961年成立馬廠公社馬廠大隊；1984年體制改革，全面恢復鄉(xiāng)級建制，更名為馬廠鄉(xiāng)馬廠村。

1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)，原城關區(qū)城關鎮(zhèn)與馬廠、晨光、移湖、迎松四鄉(xiāng)合并，組建新城關鎮(zhèn)，馬廠村直屬城關鎮(zhèn)。

2003年，馬廠村與魚臺村合并，組建馬廠村委會；2004年城關鎮(zhèn)更名為廬城鎮(zhèn)，馬廠村屬廬城鎮(zhèn)；2005年，馬廠村與福泉村合并，組建新馬廠村村民委員會，隸屬廬城鎮(zhèn)。