春秋戰(zhàn)國時期境為棠邑。
兩晉時期屬頓丘縣。
陳太建七年（575），移盱眙的北譙州于新昌城，始稱南譙州。
隋代為新昌縣，后改為清流縣，為滁州治。
明洪武二十二年（1389），為滁州直隸州。
1912年，實行省管縣，廢滁州為滁縣。
1914年6月，屬安慶道，10月屬淮泗道。
1928年8月，廢道，直屬安徽省。
1943年2月，全椒縣部分區(qū)鄉(xiāng)劃入，改為滁全縣，11月復為滁縣。
1945年8月，復置滁全縣。
1949年，滁城解放。
1949年，中華人民共和國成立之后，滁縣屬皖北人民行署滁縣行政區(qū)。
1952年4月，屬安徽省滁縣專區(qū)。
1956年1月，撤銷滁縣專區(qū)，改屬安徽省蚌埠專區(qū)。
1961年3月，復屬滁縣專區(qū)。
1973年3月，屬安徽省滁縣地區(qū)。
1982年11月，國務(wù)院批準撤銷滁縣，以原滁縣行政區(qū)域改設(shè)滁州市（縣級），區(qū)域?qū)俪菔小?/p>
1982年2月，正式建立縣級滁州市，隸屬安徽省滁縣地區(qū)。
1992年12月20日，撤原滁州市，設(shè)南譙區(qū)。