百善鎮(zhèn)鎮(zhèn)域上東廓、下東廓兩村之西在西漢元封元年（前110年）是上谷郡昌平縣治所。

民國三十七年（1948年）12月12日，屬昌順聯(lián)合縣第十區(qū)。

1949年8月，屬昌平縣第三區(qū)。

1950年2月，分屬昌平縣二區(qū)、四區(qū)，各自然村建村政府。

1953年7月，村政府撤銷建鄉(xiāng)，百善鄉(xiāng)轄百善、孟祖2村，獅子營鄉(xiāng)轄良各莊、泥洼、鐘營、獅子營4村，牛房圈鄉(xiāng)轄呂各莊、半壁街、二德莊、牛房圈4村，屬四區(qū)。

上東郭、下東郭2村屬辛立屯鄉(xiāng)，東沙屯屬王莊鄉(xiāng)，屬二區(qū)。

1956年2月，百善、獅子營、牛房圈3鄉(xiāng)合并為百善鄉(xiāng)。

東沙屯、上東郭、下東郭屬松蘭堡鄉(xiāng)。

1958年，屬紅旗人民公社又屬小湯山公社，各鄉(xiāng)稱工作站。

1960年1月，屬昌平縣。

1961年5月，成立百善人民公社。

1982年7月，百善公社改鄉(xiāng)。

1997年，撤鄉(xiāng)改鎮(zhèn)，轄現(xiàn)域。