民國(guó)時(shí)期，屬河北省大興縣。

民國(guó)三十七年（1948年），先后屬共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的河北省平北專署昌順聯(lián)合縣九區(qū)和北京市第十四區(qū)、第九區(qū)、第十三區(qū)。

1949年8月，大部劃歸河北省昌平縣。

1956年，屬北京市東郊區(qū)。

1958年5月，東郊區(qū)改名朝陽(yáng)區(qū)；10月，成立和平、朝陽(yáng)、幸福、紅光4個(gè)人民公社。

1959年1月，孫河公社為朝陽(yáng)區(qū)7公社之一，后為生產(chǎn)大隊(duì)。

1984年，公社改鄉(xiāng)，孫河鄉(xiāng)為朝陽(yáng)區(qū)二級(jí)鄉(xiāng)，仍歸農(nóng)場(chǎng)系統(tǒng)管理。

1998年，屬朝陽(yáng)區(qū)和平農(nóng)村辦事處。

1999年，撤銷和平農(nóng)村辦事處，建立孫河地區(qū)（鄉(xiāng)）辦事處。

2004年5月，黃港鄉(xiāng)并入孫河鄉(xiāng)。