明代屬巴縣德義鄉(xiāng)含谷里。

清康熙四十六年（1707）屬直里四甲。

民國初以含谷場為鄉(xiāng)級政區(qū)。

1929年稱含谷里。

1930年6月建含谷鄉(xiāng)。

1935年改稱含谷聯(lián)保。

1940年與西永聯(lián)保合建西谷鄉(xiāng)。

1941年分設(shè)含谷鄉(xiāng)、西永鄉(xiāng)。

1951年12月稱含谷鄉(xiāng)。

1958年9月建含谷公社。

1959年2月改稱含谷管理區(qū)。

1960年12月復(fù)稱含谷公社。

1982年5月恢復(fù)含谷鄉(xiāng)。

1993年12月撤含谷鄉(xiāng)建含谷鎮(zhèn)。

1995年3月從巴南區(qū)劃入九龍坡區(qū)。

2001年11月并村后，地名自得名沿用至今。

2020年1月1日起，含谷鎮(zhèn)全域被納入重慶高新區(qū)直管園范圍。