清朝時,這里屬崇隆保。
1940年,為第四區(qū)(后名海滄區(qū))金鐘鄉(xiāng)東嶼保。
1946年5月屬金霞鄉(xiāng)東嶼保。
建國后廢除保甲制,為第四區(qū)(海滄)東嶼鄉(xiāng)。
1956年7月,屬石塘鄉(xiāng)。
1958年4月撤區(qū)并鄉(xiāng),此地為海滄鄉(xiāng)管轄。
1958年8月,劃歸廈門市,屬廈門市郊區(qū)海滄公社,設(shè)東嶼大隊。
1961年從海滄公社析設(shè)漸美公社,轄之。
1964年漸美公社復(fù)入海滄公社。
1984年改為海滄鄉(xiāng)(1986年改鎮(zhèn))東嶼村委會。
1987年7月郊區(qū)改集美區(qū),轄之。
1995年10月海滄、東孚鎮(zhèn)劃入杏林區(qū)。
2003年10月置海滄區(qū),轄之。
2006年1月撤銷海滄鎮(zhèn)析分為海滄街道、新陽街道,為海滄街道東嶼村。
2009年東嶼村“村改居”,改為東嶼社區(qū)。
2010年開始因海滄CBD片區(qū)建設(shè)需要,整村被征拆搬遷,村民分別手搬遷至海滄綠苑小區(qū)、興港花園、水云灣小區(qū)、臨港新城等。
東嶼村拆遷后,村部遷移至水云灣小區(qū)。
2014年12月海滄街道拆分增設(shè)海滄街道,歸屬海滄街道管轄。