西晉太康三年（公元282年）號東冶港，清光緒末年稱馬江尾，民國二年（1913年）設(shè)馬江鎮(zhèn)，1951年更名為馬尾鎮(zhèn)，因地處馬江之尾而得名，隸閩侯縣。

1956年，撤鄉(xiāng)改鎮(zhèn)，1958年改制為馬尾人民公社。

1960年1月，從閩侯縣劃歸福州市，隸屬郊區(qū)行政辦事處。

3月，撤銷郊區(qū)行政辦事處，復(fù)置馬尾鎮(zhèn)，隸屬市人民委員會。

1962年1月，恢復(fù)郊區(qū)行政辦事處，馬尾鎮(zhèn)隸屬之。

1969年馬尾鎮(zhèn)改制為馬尾公社。

1970年2月，與亭江公社、漁業(yè)公社合組為馬江公社，直隸市革命委員會。

5月，馬江公社改制為馬江區(qū)，下轄馬尾、亭江、漁業(yè)3個公社。

1972年1月，漁業(yè)公社劃歸市商業(yè)局水產(chǎn)站領(lǐng)導。

1975年4月，亭江公社劃歸郊區(qū)管轄。

1978年2月，撤銷馬江區(qū)并入郊區(qū)，復(fù)設(shè)馬尾鎮(zhèn)，連同馬尾公社隸屬郊區(qū)。

1982年8月，恢復(fù)馬尾鎮(zhèn)，拆郊區(qū)馬尾鎮(zhèn)和馬尾公社成立馬尾區(qū)，為市轄區(qū)之一，撤銷馬尾鎮(zhèn)，設(shè)立馬尾街道辦事處，1995年10月國務(wù)院批復(fù)調(diào)整福州市市轄區(qū)的行政區(qū)域：馬尾鎮(zhèn)轄馬尾街道辦事處和馬尾鎮(zhèn)，從原郊區(qū)劃入的亭江、瑯岐和岐山鎮(zhèn)的魁岐、建坂、龍門、雙協(xié)、快洲5個村。

區(qū)人民政府駐地不變。

1996年1月市區(qū)行政區(qū)劃調(diào)整后，從原郊區(qū)劃入亭江、瑯岐兩個鎮(zhèn)，馬尾街道辦事處更名羅星街道辦事處。

1996年馬尾區(qū)轄羅星街道和馬尾、亭江、瑯岐三鎮(zhèn)。