五代十國時期，后梁開平三年(909年)，王審知稱閩王，911年，改元乾化，北宋，太平興國三年(978年)，復(fù)以福州為威武軍，閩清屬之。

南宋，景炎元年(1276年)，升福州為福安府，閩清屬之。

元，至元十五年(1278年)，元兵侵入福州后，初設(shè)福建中書省，尋廢，改福安府為福州路，閩清均屬之。

至正二十六年(1366年)，閩清屬福建行省福州路。

明，洪武元年(1368年)，福州路改為福州府，閩清屬之。

1912年，廢府留道，閩清屬東路道(后改閩海道)。

1925年，道廢，閩清為福建省直轄縣。

民國初期區(qū)劃沿襲清制。

受辛亥革命影響，在縣內(nèi)劃分為自治區(qū)1933年11月，國民革命軍第十九路軍發(fā)動福建事變，在福州成立中華共和國人民革命政府，福建劃為4個省2個特別市，閩清屬閩海省。

翌年1月事變失敗，閩清再度為省直轄縣。

7月，全省設(shè)10個行政督察區(qū)，閩清屬第三行政督察區(qū)。

1935年，全省改劃7個行政督察區(qū)、1個市，閩清屬第二行政督察區(qū)；1943年9月，全省調(diào)整為8個行政督察區(qū)、2個市，閩清屬第一行政督察區(qū)；1946年1月，全省劃9個行政督察區(qū)、2個市，閩清仍屬第一行政督察區(qū)；1947年4月，全省調(diào)整為7個行政督察區(qū)，閩清三度為省直轄縣，閩清等8縣和福州、廈門兩市為省政府直轄。

1945年9月，國民政府對鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲進行復(fù)查整理，正式宣布撤銷區(qū)署建制，至翌年初編查結(jié)束，1949年9月，閩清隸福建省人民政府第四行政督察專員公署，駐地林森縣1956年3月26日，閩侯專區(qū)撤銷，閩清劃屬南平專區(qū)；1959年8月閩侯專區(qū)恢復(fù)，閩清重新劃入；1970年2月17日，閩侯專區(qū)革委會機關(guān)由閩侯螺洲遷莆田城廂，1971年4月13日，閩侯專區(qū)再次撤銷，閩清劃歸莆田專區(qū)，同年6月1日改莆田專區(qū)為莆田地區(qū)，閩清縣隸屬莆田專區(qū)和莆田地區(qū)。

1983年7月，閩清歸到福州。

1984年實行政社分開，各公社分別改為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），共設(shè)3個鎮(zhèn)14個鄉(xiāng)，后增設(shè)云龍鄉(xiāng)，并陸續(xù)將7個鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。

2000年，撤銷省璜鄉(xiāng)，設(shè)立省璜鎮(zhèn)。

2004年7月28日，撤銷閩清縣后佳鄉(xiāng)、佳頭鄉(xiāng)并入上蓮鄉(xiāng)。