紫云原屬寧德縣青田鄉(xiāng)東洋里十七都。

民國24年（1935年）6月，周墩特種區(qū)周墩聯(lián)保。

民國29年1月，周墩鎮(zhèn)設(shè)紫西保（含官司、西坑）。

民國34年8月，隸周寧縣獅城鎮(zhèn)設(shè)支山保（含吳山底）。

民國37年，改設(shè)紫溪保（含吳山底、溪坪、東升）。

1950年4月，隸周寧縣第一區(qū)（端源區(qū)）源頭鄉(xiāng)。

1952年9月，隸一區(qū)溪坪鄉(xiāng)。

1955年9月，隸端源公社設(shè)紫云鄉(xiāng)（含吳山底）。

1958年3月，紫云、吳山底合并為紫云鄉(xiāng)，隸浦源區(qū)。

1966年8月，改稱紫云大隊(duì)，隸浦源公社。

1980年，析出吳山底大隊(duì)。

1984年8月，隸浦源鄉(xiāng)設(shè)紫云村民委員會(huì)。