北宋年間(960年—1127年),磷溪分屬海陽縣懷德鄉(xiāng)的秋溪都和水南都。
清光緒年間(1875年—1908年),分屬海陽縣的東廂都、秋溪都和水南都。
民國元年(1912年),都改為區(qū)。
民國十九年(1930年),屬潮安縣第四區(qū)。
民國三十五年(1946年),分屬秋水鄉(xiāng)和東廂鄉(xiāng)。
1950年春,改稱第四區(qū)(后洋堤村從饒平縣割人澄?h,隨后劃入潮安縣第四區(qū))。
1952年,第十三區(qū)從第四區(qū)分出。
1957年,割涸溪歸潮州鎮(zhèn)。
1958年9月,撤第十三區(qū),成立磷溪公社。
1960年,析為磷溪、福塘2公社。
1962年底,并為磷溪公社。
1983年7月,稱磷溪區(qū)。
1987年3月,稱潮州市磷溪鎮(zhèn)。
1992年,稱潮安縣磷溪鎮(zhèn)。
2013年6月28日,撤銷潮安縣,設(shè)立潮安區(qū),并將原潮安縣的磷溪鎮(zhèn)、官塘鎮(zhèn)、鐵鋪鎮(zhèn)劃歸潮州市湘橋區(qū)管理。