秦屬桂林郡地。

漢時先后屬南越國地、郁林郡地。

三國兩晉時為桂林郡地。

南朝齊建元二年（480）析桂林郡潭中縣地置齊熙縣，屬齊熙郡，為今縣境縣建制之始。

南朝梁中大通五年（533）為東寧州治。

隋開皇十八年（598）改義熙縣，屬融州（東寧州改）；大業(yè)二年（606）屬始安郡。

唐武德四年（621）復屬融州；武德六年（623）改為融水縣（此為融水得名之始），仍為州治；龍朔二年（621），析置武陽縣；天寶元年（742）屬融水郡；乾元元年（758）復屬融州。

宋神宗時（1068～1085）武陽縣并入。

元至元十六年（1279）屬融州路；至元二十二年（1285）復屬融州。

明洪武二年（1369）并入融州；洪武十年（1377）融州改為融縣，屬柳州府。

1913屬柳江道；1927直屬廣西省。

1952年以融縣中區(qū)為主，析羅城縣三防、中寨、汪洞、滾貝、桿洞5區(qū)和三江縣第二、第三區(qū)部分鄉(xiāng)村合置大苗山苗族自治區(qū)，屬宜山專區(qū)。

是中國成立最早、廣西唯一的縣級苗族自治區(qū)域。

1953年貴州從江縣大年、安里2鄉(xiāng)劃入，合設大年區(qū)；融安縣和睦、永樂2鄉(xiāng)劃入，合設和睦區(qū)。

1955年改大苗山苗族自治縣。

1958年融安縣芙蓉、巷口2鄉(xiāng)并入和睦區(qū)。

1958年屬柳州專區(qū)。

1966年改融水苗族自治縣。

1971年屬柳州地區(qū)。

2002年屬柳州市，沿用至今。