民國時(shí)期,實(shí)行新憲制,改區(qū)、聯(lián)保為鄉(xiāng)(鎮(zhèn)),隸屬丁里鄉(xiāng);1958年,建立納院生產(chǎn)大隊(duì),成立納院生產(chǎn)大隊(duì)管理委員會(huì),隸屬雙江區(qū)壩賴公社;1984年,冊亨縣行政區(qū)劃變動(dòng),納院生產(chǎn)大隊(duì)管理委員會(huì)更名為納院村民委員會(huì),隸屬壩賴鄉(xiāng);1991年,實(shí)行建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū),壩賴鄉(xiāng)、路吉鄉(xiāng)和打賓鄉(xiāng)的頂肖村、偉俄村、打賓村合并為壩賴鎮(zhèn),納院村委會(huì)隸屬壩賴鎮(zhèn);1998年,納院村委會(huì)隸屬壩賴鎮(zhèn);2005年,壩賴鎮(zhèn)更名為雙江鎮(zhèn),納院村委會(huì)隸屬雙江鎮(zhèn);2007年,實(shí)行村級整合,將納院村和偉俄村合并為納院村,納院村委會(huì)隸屬雙江鎮(zhèn);2016年,行政區(qū)劃調(diào)整,將達(dá)央鄉(xiāng)和雙江鎮(zhèn)合并為雙江鎮(zhèn),納院村委會(huì)隸屬雙江鎮(zhèn)。