1958年公社時代，取名客店大隊。

1982年10月31日，全縣行政區(qū)劃調(diào)整，客店大隊屬許家壩區(qū)三溪公社管轄。

1984年成立客店村。

1985年全縣行政區(qū)劃再次調(diào)整，客店村屬許家壩區(qū)三溪鄉(xiāng)管轄。

1992年2月，貴州省人民政府批準思南縣進行“建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)”工作，建立許家壩鎮(zhèn)，客店村屬許家壩鎮(zhèn)管轄。

2007年4月，縣人民政府下達《關(guān)于撤小村并大村整合的批復(fù)》，客店村并入許家壩村，屬許家壩鎮(zhèn)管轄。

2010年11月16日，思南縣人民政府批準調(diào)整全縣行政區(qū)劃，恢復(fù)客店村，屬許家壩鎮(zhèn)管轄。