1950年7月成立孟溪鄉(xiāng)公所時,矮屯屬于鄉(xiāng)第六行政村管轄;1953年3月撤銷孟溪鄉(xiāng)公所,建立孟溪小鄉(xiāng),組建矮屯村,隸屬關(guān)系未變;1959年9月,改稱矮屯生產(chǎn)大隊,歸屬孟溪管理區(qū);1966年11月與干堡溝合并組成共和生產(chǎn)大隊;1976年末與干堡溝分治,仍稱矮屯生產(chǎn)大隊;1984年1月社改鄉(xiāng),矮屯生產(chǎn)大隊為村;2007年12月矮屯村、干壩溝村、太平山村合并為矮屯村,2013年12月撤分村,分出矮屯村。
現(xiàn)屬孟溪鎮(zhèn)管轄。