清為兩河口會，民國時屬廉讓鄉(xiāng)。

1949年7月設巡店區(qū)，深溝村系巡店區(qū)管轄；1952年10月巡店區(qū)調(diào)整為第二區(qū)，深溝村系第二區(qū)管轄；1956年3月為第三指導組，深溝村系第三指導組管轄；1958年巡店區(qū)命名幸福人民公社，深溝村改為深溝大隊，系幸福人民公社管轄；同年底恢復原區(qū)名，深溝大隊系巡店區(qū)管轄；1975年撤區(qū)并社為巡店人民公社，深溝大隊屬巡店人民公社管轄；1987年巡店撤區(qū)建鎮(zhèn)，析原巡店區(qū)的辛榨鄉(xiāng)、高店鄉(xiāng)合并為辛榨鄉(xiāng)。

深溝大隊改名為深溝村，屬辛榨鄉(xiāng)管轄。