唐宋時，外遷移民在此開荒耕種，繁衍生息；明清時期，建立地方保甲，設立地方基層政權組織，查戶籍教化，催祖賦役；清光緒7年（1881年）為加強統(tǒng)治，興辦民團，設立白雞鄉(xiāng)，穿山堰歸白雞鄉(xiāng)轄；后組織軍民相間的民團組織，改保甲鄉(xiāng)里為團，實行聯保甲制。

設穿山甲，歸五區(qū)所轄；民國24年（1935年）改穿山堰保；民國25年（1936年）歸五區(qū)（土城）白雞鄉(xiāng)所轄。

解放后，1951年設立穿山堰生產大隊歸白雞鋪轄；1975年3月隸屬于土城公社；1984年6月設立穿山堰村民委員會；2002年合組并村，將穿山堰村與四棵樹村合并為穿山堰村委會，歸土城鎮(zhèn)轄。