明嘉靖年間屬惠化鄉(xiāng)；清康熙年間屬從義鄉(xiāng)；民國時期屬宋家鄉(xiāng)；1949年5月屬馬坪區(qū)；1956年為三星社、紅旗社，屬馬坪區(qū)魏店鄉(xiāng)；1958年成立人民公社，三星社、紅旗社合并為紅旗大隊，屬長青公社魏店管理區(qū)；1959年為紅旗大隊，屬馬坪公社云臺管理區(qū)；1961年4月設(shè)區(qū)建制，為紅旗大隊，屬長嶺區(qū)云臺公社；1975年2月撤區(qū)并社，為紅旗大隊，屬聯(lián)興公社；1977年聯(lián)興公社并入長嶺公社，為紅旗大隊，屬長嶺公社；1980年更名為黑虎廟大隊，屬長嶺公社云臺管理區(qū)；1983年底設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，為黑虎廟村，屬長嶺區(qū)云臺鄉(xiāng)；1987年9月撤區(qū)并鄉(xiāng)，為黑虎廟村，屬長嶺鎮(zhèn)；1998年黑虎廟村分開為黑虎廟村和紅旗村，屬長嶺鎮(zhèn)；2004年撤村并村，兩村又合并為黑虎廟村，屬長嶺鎮(zhèn)至今。