明、清屬興國州吉口里;民國屬陽新南鄉(xiāng);1950年劃歸通山縣后,屬城關區(qū)城關鄉(xiāng),稱為祝家樓村;1954年調整行政區(qū)劃,屬城關區(qū)畈泥鄉(xiāng);1958年人民公社化時,屬城關人民公社畈泥管理區(qū),改稱為祝家樓生產(chǎn)大隊;1962年設區(qū)建公社,屬環(huán)城區(qū)畈泥公社;1975年撤區(qū)并公社,屬畈泥公社;1984年恢復區(qū)、鄉(xiāng)鎮(zhèn)制,屬環(huán)城區(qū)西坑潭鄉(xiāng),復稱祝家樓村村;1987年撤區(qū)設鄉(xiāng)鎮(zhèn),屬畈泥鄉(xiāng);1999年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)時,合大畈、畈泥兩鄉(xiāng)鎮(zhèn)為大畈鎮(zhèn),祝家樓村隸屬大畈鎮(zhèn)管轄至今。