民國時期，今轄區(qū)范圍分屬孝感縣民生鄉(xiāng)、同生鄉(xiāng)、湖港鎮(zhèn)等。

1949年5月孝感解放，設(shè)肖家港區(qū)。

1951年改名為肖港區(qū)。

1952年改為孝感縣第十二區(qū)；1953年又改稱肖港區(qū)。

1958年改設(shè)為肖港人民公社。

1961年改名肖港區(qū)。

1967年更名為長征區(qū)，后復(fù)稱肖港區(qū)。

1975年撤區(qū)并社時改稱肖港人民公社。

1984年稱肖港區(qū)，屬縣級孝感市。

1987年設(shè)肖港鎮(zhèn)，屬縣級孝感市。

1993年縣級孝感市撤銷，設(shè)孝南區(qū)，屬孝南區(qū)，2018年8月24日，肖港鎮(zhèn)61個村、4個社區(qū)調(diào)整合并為35個村、4個社區(qū)，沿用至今。