邳州古稱“少昊遺墟”，夏代邳為薛都。

商代為邳國。

春秋時(shí)期魯定公元年（前509），邳國南遷于此，故稱下邳。

秦代設(shè)下邳縣。

新莽時(shí)改名閏儉。

東漢永平十五年（72），改為下邳國。

南朝宋齊時(shí)期，為下邳郡。

北魏孝昌年間，置東徐州。

后周稱邳州。

隋開皇初，下邳郡廢，縣屬邳州。

隋大業(yè)初，又改邳州為下邳郡，縣仍屬之。

唐武德四年（621），復(fù)置邳州。

貞觀元年（627），邳州廢，改下邳縣。

北宋太平興國七年（982），置淮陽軍于此，屬京東東路。

金貞祐三年（1215），改淮陽軍為邳州。

元代亦稱邳州、下邳縣。

1912年，廢州置邳縣，屬江蘇省。

1938年初，邳縣以隴海鐵路為界，分南北兩部分，邳北稱邳縣；邳南建邳南行署、邳南縣、邳睢縣。

1940年3月，隴海鐵路以北仍置邳縣。

以南地區(qū)，迭置邳南行署及邳南、邳睢二縣。

1953年5月，邳睢縣撤銷，邳南地區(qū)劃回，恢復(fù)邳縣建制，改屬江蘇省徐州專區(qū)。

1992年7月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)撤銷邳縣，設(shè)立邳州市。