明、清時期屬歸仁鄉(xiāng)。
1911年初屬七區(qū),后屬姚畈、曹溪兩鄉(xiāng),又改水巖鄉(xiāng)。
1947年屬大橋鄉(xiāng)。
1950年分屬龍家、姚畈、程橋、洪家等鄉(xiāng)。
1956年并入曹溪鄉(xiāng)。
1957年創(chuàng)建曹溪墾殖場(駐陳屋),1961年墾殖場駐地遷移至通丘畈,更名為三縣嶺墾殖場。
1968年山門嶺墾殖場并入,1980年龍家、姚畈、程橋3大隊劃入。
1984年三縣嶺墾殖場改鄉(xiāng)建制,仍保留墾殖場牌子。
1985年鄉(xiāng)場分離,設(shè)立三縣嶺鎮(zhèn)鄉(xiāng)(駐通丘畈)。
1992年7月更名姚畈鄉(xiāng),駐地遷移至姚畈村。
保留三縣嶺墾殖場(鄉(xiāng)場合一)。
1997年8月,三縣嶺墾殖場改制設(shè)立三縣嶺鄉(xiāng)(駐通丘畈),實行鄉(xiāng)場兩塊牌子、一套人馬。
2001年11月,撤銷姚畈鄉(xiāng),整建制并入三縣嶺鄉(xiāng)。
2006年1月,撤銷三縣嶺鄉(xiāng),整建制并入曹溪鎮(zhèn),保留三縣嶺墾殖場牌子。
2016年9月,在原有墾殖場基礎(chǔ)上增設(shè)鎮(zhèn)政府機構(gòu),設(shè)立三縣嶺鎮(zhèn)。
將曹溪鎮(zhèn)的姚畈、陳屋2個居委會和龍家、沙灣、程橋、徐門、店上、前畈、瑤上、浪灣、港王等9個村委會整建制劃入。