明、清時(shí)代為內(nèi)蒙扎賚特部游牧地，清光緒二十二年（1896）開發(fā)，由蒙古地局劃定五棵樹歸屬大賚縣，光緒三十一年（1905）名為大賚廳第三區(qū)，宣統(tǒng)三年（1911）更名為大賚縣五棵樹鎮(zhèn)，1938年屬河北辦事處五棵樹警察署，1946年屬賚北縣，1947年賚北、鎮(zhèn)東兩縣合治，更名為鎮(zhèn)賚縣第六區(qū)（五棵樹區(qū)）；1958年更名為鎮(zhèn)賚縣五棵樹公社；1983年更名為鎮(zhèn)賚縣五棵樹鄉(xiāng)；1985年更名為鎮(zhèn)賚縣五棵樹鎮(zhèn)，名稱一直沿用至今。