戰(zhàn)國趙武靈王二十六年（前300年），區(qū)境是趙國九原（今麻池古城遺址）的轄境。

秦朝時期，區(qū)境屬秦九原郡管轄，郡治九原縣（今麻池古城，一說三頂賬房古城，一說孟家梁古城）。

九原郡轄境相當于今巴彥淖爾市的臨河區(qū)和五原縣、今鄂爾多斯市的達拉特旗和杭錦旗[20]，以及今包頭市九原區(qū)所轄范圍。

西漢元朔二年（前127年），區(qū)境屬五原郡管轄且是五原郡政治、經(jīng)濟中心，此前區(qū)境一度為匈奴轄境。

新朝（8—23年），改五原郡為獲降郡，區(qū)境為獲降郡所轄。

九原縣為成平縣、五原縣為填河亭、固陽縣為固陰縣、臨沃縣為振武縣。

東漢建武元年至建安二十年（25—215年），區(qū)境仍歸五原郡管轄；建安二十年至建安二十四年（215—219年），區(qū)境為新興郡管轄。

建安二十五年（220年），鮮卑拓跋部在首領力微率領下入居五原郡西晉，區(qū)境為鮮卑人牧地。

東晉時期，鮮卑人曾兩度建國。

咸康四年至太元元年（338—376年），拓跋首領什翼鍵建立代國（所轄范圍相當于今內(nèi)蒙古中部和晉北地區(qū)），區(qū)境是代國的一部分。

太元十一年（386年），鮮卑拓跋建立北魏，定都盛樂（今呼和浩特市的和林格爾縣北土城子），區(qū)境成為北魏轄地。

北魏延和元年（432年），拓跋燾在陰山設置六鎮(zhèn)，以防柔然侵入，區(qū)境位于六鎮(zhèn)之一懷朔鎮(zhèn)的南部。

正光五年（524年），懷朔鎮(zhèn)改為朔州，區(qū)境為朔州管轄。

隋開皇元年至五年（581—585年），區(qū)境為隋五原郡轄境。

之后，區(qū)境一直為突厥族的牧地。

唐景龍二年（708年）后，歸唐關內(nèi)道豐州中受降城（今敖陶窯子古城）管轄。

宋朝時期，區(qū)境大部歸西夏（1032—1227年）黑山威福軍司管轄。

元朝時期，區(qū)境歸大同路云內(nèi)州管轄。

明洪武元年至宣德十年（1368—1435年），區(qū)境歸明東勝衛(wèi)管轄。

宣德十年（1435年）至明亡，區(qū)境為蒙古土默特部的牧場。

清朝時期，區(qū)境分屬土默特右翼旗、烏拉特前旗、烏拉特中旗、烏拉特后旗管轄。

同時，區(qū)境還先后受歸化城（今呼和浩特舊城）、薩拉齊廳、五原廳節(jié)制。

境內(nèi)出現(xiàn)一地二治、蒙漢分理的格局。

民國元年至十二年（1912—1923年），境內(nèi)改廳為縣，其余仍沿襲清朝建置。

民國十二年至十五年（1923—1926年），區(qū)境大部由包頭設治局管轄，東部仍由薩拉齊縣節(jié)制。

民國十五年至二十六年（1926一1937年），區(qū)境大部受包頭縣節(jié)制，最東部仍由薩拉齊縣管轄。

民國二十六年至三十四年（1937一1945年），區(qū)境歸日偽包頭市和日偽薩拉齊縣管轄。

民國三十四年（1945年）8月15日，日本無條件投降后，區(qū)境復歸國民政府包頭市政務委員會和薩拉齊縣管轄。

民國三十五年（1946年），綏遠省政府撤銷包頭市政務委員會，分設包頭市和包頭縣。

民國三十五年（1946年）2月至1949年12月，區(qū)境分屬包頭市、包頭縣、薩拉齊縣管轄。

1950年3月25日，區(qū)分屬包頭市、包頭縣、薩拉齊縣管轄。

1953年，綏遠省人民政府撤銷包頭縣建置，設立包頭市人民政府郊區(qū)臨時工作委員會為包頭市人民政府的派出機構。

同年10月5日，區(qū)境屬包頭市人民政府郊區(qū)臨時工作委員會管轄，境內(nèi)始單獨設置。

1954年5月，包頭市人民政府郊區(qū)臨時工作委員會被撤銷，設立包頭市人民政府郊區(qū)工作委員會，仍為包頭市人民政府的派出機構。

1957年1月16日，包頭市人民政府郊區(qū)工作委員會被撤銷，設立包頭市郊區(qū)人民委員會，為一級政權機構。

1960年4月，包頭市郊區(qū)建置被撤銷，區(qū)境分屬昆都侖區(qū)、青山區(qū)、東河區(qū)和石拐礦區(qū)管轄。

1963年5月1日，經(jīng)內(nèi)蒙古自治區(qū)人民委員會批準，恢復包頭市郊區(qū)建置，設立包頭市郊區(qū)人民委員會。

1968年2月，改稱包頭市郊區(qū)革命委員會。

1980年1月，撤銷包頭市郊區(qū)革命委員會，改稱包頭市郊區(qū)人民政府。

1999年8月10日，民政部批復同意將包頭市郊區(qū)更名為包頭市九原區(qū)。

2000年1月1日，包頭市郊區(qū)正式改稱包頭市九原區(qū)。