民國時期，芋元村歸屬進賢鄉(xiāng)第七保（消水）。

新中國成立后，芋元村歸消水鄉(xiāng)管轄。

1953年，歸南官鄉(xiāng)管轄。

1956年，芋元村歸芋元管區(qū)管轄。

1958年人民公社時期，芋元村與南官村、李王村、高家樓村合為一隊，稱芋豐大隊，歸芋元人民公社管轄。

1962年四村分開，各自為隊，歸屬芋元人民公社管轄。

1968年，歸芋元人民公社革委會管轄。

1984年政社分設(shè)，成立芋元村村民委員會，歸芋元鄉(xiāng)人民政府管轄。

2011年，撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，歸芋元發(fā)展服務(wù)中心管轄。

2012年歸相公鎮(zhèn)芋元社區(qū)管轄。

2015年，山坡村并入芋元村，同年，撤銷芋元社區(qū)，歸相公鎮(zhèn)人民政府管轄至今。