1912年至1920年為太白鄉(xiāng)縣屯里南溝門，1920年至1929年為阿落鄉(xiāng)白鹿里南溝門，1930年至1934年為高哨鄉(xiāng)南溝門。

1935年11月至1937年10月屬甘洛縣三區(qū)，1937年10月屬甘泉縣三區(qū)，1948年為三區(qū)二鄉(xiāng)，1958年改為延安縣甘泉公社南溝門村生產(chǎn)大隊(duì)。

1961年改為甘泉縣甘泉公社南溝門村生產(chǎn)大隊(duì)，1971年為高哨公社南溝門村生產(chǎn)大隊(duì)。

1983年為高哨鄉(xiāng)南溝門村行政村，1989年為高哨鄉(xiāng)南溝門村村民委員會(huì)，2011年為城關(guān)鎮(zhèn)南溝門村村民委員會(huì)，2014年12月將原高哨鄉(xiāng)行政區(qū)域并入石門鄉(xiāng)，石門鄉(xiāng)改設(shè)石門鎮(zhèn)，撤銷雷村村委會(huì)并于南溝門村委會(huì)，為石門鎮(zhèn)南溝門村村民委員會(huì)，沿用至今。