1952年12月前，靈丹廟村一直隨桃川區(qū)隸屬于岐山縣轄。

1952年12月設(shè)立太白中心區(qū)后，由其桃川區(qū)靈丹廟鄉(xiāng)管轄。

1952年初開始，農(nóng)村先后經(jīng)歷了由互助組到初級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社、高級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社，再到生產(chǎn)大隊(duì)的歷史轉(zhuǎn)變。

其間，從1954年起，靈丹廟、杜家村、柳樹店三村合并，先后命名為靈丹廟初級(jí)、高級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社和生產(chǎn)大隊(duì)，至1958年公社化開始。

此后三個(gè)村分開各自單設(shè)為生產(chǎn)大隊(duì)，均隸屬桃川管理區(qū)（1961年更名為人民公社）；1966年靈丹廟大隊(duì)更名紅衛(wèi)大隊(duì)并成立革委會(huì)，1970年底恢復(fù)原名，1980年底改稱大隊(duì)管委會(huì)；1984年5月撤社建鄉(xiāng)，組建村民委員會(huì)，屬桃川鄉(xiāng)；1997年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，隸屬桃川鎮(zhèn)。

2005年11月撤村并組時(shí)，將原杜家村并入本村，仍以靈丹廟村委會(huì)駐地命名并沿用至今。

本村位于桃川之中心，歷來先后是桃川區(qū)、靈丹廟鄉(xiāng)及桃川公社、鄉(xiāng)、鎮(zhèn)的駐地。