解放前屬太原縣四區(qū)，1948年解放后屬晉源縣，1949年屬太原第二專署（東莊）下轄的一個自然村，1951年屬太原第六區(qū)下轄的一個自然村，1954年劃入王郭鄉(xiāng)，1956年建“光明”高級社，1957年屬大郊區(qū)，1960年屬晉祠農(nóng)村人民公社下轄的生產(chǎn)大隊。

1961年屬晉源區(qū)，1963年屬郊區(qū)，1970年屬南郊區(qū)晉祠人民公社下轄的一個生產(chǎn)大隊，1984年撤銷晉祠人民公社設(shè)立晉祠鎮(zhèn)，改制為萬花堡村村民委員會，1997年設(shè)晉源區(qū)，萬花堡村村民委員會屬于晉源區(qū)晉祠鎮(zhèn)，一直沿用至今。