清宣統(tǒng)二年（1910）元壩鎮(zhèn)轄；1935年5月后分屬漓江（岳漓）、東石、龍王三鄉(xiāng)；1951年為躍進(jìn)大隊(duì)，屬土鯉鄉(xiāng)；1958年政社合一，更名為躍進(jìn)大隊(duì)，屬土鯉人民公社；1981年地名普查重名改為琴溪大隊(duì)；1984年政社分設(shè)，更名為琴溪村，屬土鯉鄉(xiāng)；1992年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，土鯉鄉(xiāng)、漓江鄉(xiāng)合并建立漓江鎮(zhèn)，屬漓江鎮(zhèn)；1994年恢復(fù)鄉(xiāng)鎮(zhèn)建制復(fù)置土鯉鄉(xiāng)，屬土鯉鄉(xiāng)；2005年鄉(xiāng)鎮(zhèn)建制調(diào)整，土鯉鄉(xiāng)并入漓江鎮(zhèn)，屬漓江鎮(zhèn)。

2020年鄉(xiāng)鎮(zhèn)村級(jí)建制調(diào)整同意琴溪村和寺基坪村合并，村名稱；琴溪村村民委員會(huì)。