解放前屬綏靖鄉(xiāng)第10保。

1950年改名第10村。

1952年劃歸靖華鄉(xiāng)（后改靖遠鄉(xiāng)）。

1953年屬靖和鄉(xiāng)。

1958年建立花祠大隊，屬龍會鄉(xiāng)人民公社靖和管區(qū)。

1961年屬靖和鄉(xiāng)人民公社。

1968年屬靖和公社。

1978年屬華場公社靖和片。

1980年又屬靖和公社。

1984年更名花祠村，屬靖和鄉(xiāng)。

1991年花埝村并入，名稱仍舊。

1992年改隸靖和鎮(zhèn)。

2019年行政區(qū)劃調(diào)整改革，靖和鎮(zhèn)并入東聯(lián)鎮(zhèn)，歸屬東聯(lián)鎮(zhèn)管轄，2020年村級建制調(diào)整花祠村與三望村合并東聯(lián)鎮(zhèn)花祠村，并沿用至今。