1949年前隸屬龍靈鄉(xiāng)9保。

1951年改保甲制為村，1953年屬農(nóng)林鄉(xiāng)9村。

1958年改為農(nóng)林公社9大隊。

1966年更名旭日公社9大隊。

1970年，將原1隊分為1組隊和9隊。

1971年復原名。

1981年地名普查時命名為農(nóng)林公社方家溝大隊。

1983年定名農(nóng)林鄉(xiāng)方家溝村。

1992年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)時改為萬善鎮(zhèn)方家溝村。

1994年復鄉(xiāng)，復名農(nóng)林鄉(xiāng)方家溝村。

2004年7月更名為寶箴塞鄉(xiāng)方家溝村，2014年10月更名為寶箴塞鎮(zhèn)方家溝村。

2020年5月雙河口村、榆林村并入。