1949年前為龍馬鄉(xiāng)3、5保，1949年實為龍馬鄉(xiāng)農(nóng)會3、5分會，1950年時屬石灰村上頭村，1958年公社會公時為龍馬公社化時為龍馬公社2管區(qū)，1959年新津大邑合縣后劃文井公社9管區(qū)，1962年分縣后為龍馬公社3大隊，1980年未寶墩大隊，后為寶墩村，2005年5月13日，經(jīng)新津縣人民政府同意撤銷寶墩村、大林村，組建寶墩村，沿用至今。

2020年村社區(qū)調(diào)整，同意將雙石村與寶墩村合并設立寶墩村。

寶墩村村委會辦公地點為原寶墩村黨群服務中心；新津縣人民政府批準，批復號為新津府函【2020】93號。