元至元十七年(1280),設朵甘思宣慰使司都元帥府,治所在今貢覺縣莫洛鎮(zhèn)。
明朝將朵甘思宣慰使司都元帥府改為朵甘衛(wèi)指揮使司。
在貢覺縣境內設有乃竹萬戶府。
崇禎十二年(1639),蒙古和碩特部固始汗的部隊占據(jù)貢覺,設立臺吉,十五年,甘丹頗章政權建立后,在貢覺推行宗溪制度,設立館覺宗。
清雍正四年(1726),清廷組織川、滇、藏三方以寧靜山為界,館覺歸甘丹頗章政權管轄。
乾隆十六年(1751),清廷將館覺劃歸駐藏大臣直接管轄。
宣統(tǒng)二年(1910),改土歸流,將館覺宗改為貢縣,隸屬昌都府。
同年冬,設武城縣。
1912年,川軍進駐貢縣、武城縣,并將兩縣劃入川邊特別行政區(qū)。
1917年,藏軍占領貢覺地區(qū),西藏地方政府將武城縣改設為三巖宗。
1918年,朵麥基巧成立后,將貢縣改為貢覺宗,歸朵麥基巧。
1928年,民國政府在今四川巴塘設西康政務委員會,將貢縣、武城縣劃入西康政務委員會。
1939年,成立西康省,將貢縣、武城縣劃入西康省。
1950年12月,貢覺宗、三巖宗隸屬昌都地區(qū)人民解放委員會。
1959年4月,撤銷貢覺、三巖宗人民解放委員會,解散宗政府,成立軍事管制委員會。
1959年7月,將三巖宗的戈波、支巴、南格、擦拉地方劃歸寧靜宗;其他并入貢覺宗。
1960年1月,國務院正式批準,撤銷貢覺、三巖宗,合并設置貢覺縣,隸屬昌都專區(qū)。
2014年10月,撤銷昌都地區(qū),設立地級昌都市,貢覺縣隸屬昌都市。