明代，“個舊”為蒙自縣之個舊村。

清光緒十一年（1885）設個舊廳，隸臨安府。

1912年，個舊廳改隸蒙自道。

1913年個舊廳改縣，仍屬蒙自道轄區(qū)。

1928年11月，蒙自道撤銷，個舊縣直屬省管。

1950年12月16日，成立個舊縣人民政府。

1951年1月，改個舊縣為省轄市，下轄寶華、灣子、新山、古松、新民5個區(qū)。

1958年，個舊市劃歸紅河哈尼族彝族自治州管轄，同時紅河州黨政機關遷駐個舊市，下轄火箭、鋼鐵、卡房、賈沙、錫都5個人民公社及兩城區(qū)街道辦事處。

1962年，改人民公社為區(qū)，全市下轄寶華、老廠、大屯、卡房、賈沙5個區(qū)及乍甸公社。

1970年，各區(qū)統(tǒng)一改為人民公社。

1978年，全市轄錫城、賈沙、卡房、老廠、大屯、乍甸、保和、雞街、沙甸、倘甸10個人民公社，73個大隊和2個街道辦事處，街道辦事處下轄15個居民委員會。

1980年7月，錫城人民公社的城鎮(zhèn)部分劃出成立寶華鎮(zhèn)。

1981年8月，卡房人民公社劃為卡房、黃草壩2個公社。

1984年3月，寶華鎮(zhèn)改為市政府的城區(qū)辦事處，各人民公社均改為區(qū)公所。

全市政區(qū)共11個區(qū)、1個區(qū)級辦事處，下轄73個鄉(xiāng)（含5個民族鄉(xiāng)），5個鄉(xiāng)級鎮(zhèn)。

同年，建水縣邦干新寨鄉(xiāng)劃歸個舊市的乍甸區(qū)。

1988年，除沙甸、黃草壩仍保留區(qū)外，改建為3個鄉(xiāng)、5個鎮(zhèn)、2個鄉(xiāng)鎮(zhèn)級辦事處，并將原來的鄉(xiāng)鎮(zhèn)改建為村公所和村辦事處。

同年，經(jīng)云南省人民政府批準，個舊市國民經(jīng)濟和社會發(fā)展計劃在省單列，行使地州級管理權(quán)限。

1994年，撤銷錫城辦事處，建立錫城鎮(zhèn)。

2003年，紅河州黨政機關遷駐蒙自縣。