紅塔區(qū)歷史悠久，先秦時(shí)屬古滇國(guó)地。

西漢元封二年（前109）屬益州郡俞元縣，蜀漢時(shí)為建寧郡俞元縣地，兩晉時(shí)為晉寧郡俞元縣地。

隋朝置寧州總管府西爨地。

唐代貞觀年間屬求州。

南詔贊普鐘九年（760）設(shè)置溫富州，屬河陽(yáng)郡。

溫富州的設(shè)置，使玉溪市紅塔區(qū)在歷史上開始成為州一級(jí)的行政單位。

大理國(guó)時(shí)為河陽(yáng)郡休制部。

元代至元十三年（1276）設(shè)新興州，隸屬澄江府，明清兩代沿襲。

1912年改稱新興縣，次年改為休納縣。

1916年因玉溪大河“形似玉帶，溪水清澈如碧玉”而改名玉溪縣。

1958年玉溪、江川兩縣合并，仍稱玉溪縣。

1961年又重新分開。

1983年9月9日改為玉溪市（縣級(jí)），隸屬于玉溪地區(qū)。

1999年12月13日，撤銷玉溪地區(qū)，設(shè)立玉溪地級(jí)市，原縣級(jí)玉溪市改為市轄區(qū)紅塔區(qū)。