墨江在秦朝以前，屬西南夷地。

秦漢至唐宋時期，先后隸屬益州郡、興古郡、梁水郡、黎州郡、銀生節(jié)度、因遠部、馬籠部、元江萬戶府。

元憲宗四年（1254）他郎內附，中央政府立他郎為二千戶所，至元二十五年（1288），設他郎寨（甸）長官司，司署設在他郎寨（今墨江縣城）。

明永樂三年（1405），改他郎寨（甸）長官司為恭順州，州署設在碧朔（今碧溪古鎮(zhèn)），嘉靖十二年（1533），州署由碧朔移至他郎寨。

清雍正十年（1732），廢恭順州，設他郎撫彝廳，由元江府通判（正六品）分駐他郎；乾隆三十五年（1770年）元江府降為直隸州，他郎廳改隸普洱府。

1913年廢廳改縣，改他郎廳為他郎縣。

1916年，改他郎縣為墨江縣。

1949年1月7日，墨江縣城解放；同年8月3日，墨江縣臨時人民政府成立，隸屬思普區(qū)臨時人民行政委員會。

1950年5月4日，墨江縣人民政府正式成立，隸屬寧洱專員公署。

1953年3月，寧洱專員公署改為思茅專員公署，墨江遂隸屬思茅專員公署。

1979年7月30日，經國務院批準，撤銷墨江縣，成立墨江哈尼族自治縣。

2004年4月17日，思茅地區(qū)撤地設市，墨江哈尼族自治縣隸屬思茅市管轄。

2007年4月8日，思茅市更名為普洱市，墨江哈尼族自治縣隸屬普洱市管轄。