解放初期為信智鄉(xiāng)湖井村。

1956年合作化時，屬信智鄉(xiāng)共豐高級社。

1958年公社化時，定名湖井大隊，屬信智管理區(qū)。

1961年隸屬信智公社。

1984年改稱信智鄉(xiāng)湖井村民委員會。

1992年5月撤鄉(xiāng)為赤溪鎮(zhèn)湖井村民委員會。

2001年行政村撤擴并將青山村并入，稱湖井村民委員會2011年行政區(qū)劃調(diào)整仍屬赤溪鎮(zhèn)。

1986年11月經(jīng)縣政府批準為第二次國內(nèi)革命戰(zhàn)爭時期老區(qū)村。

2019年蒼南縣村規(guī)模調(diào)整，湖井村、后垵村、烏巖村合并成湖井村。