清代屬寧海縣南鄉(xiāng)楊家莊。

民國(guó)17年（1928）屬寧和鄉(xiāng)。

民國(guó)24年屬楊家鄉(xiāng)。

民國(guó)29年（1940）三門建縣前后均屬楊家鄉(xiāng)。

1949年解放初沿用舊制。

1950年5月屬壩頭鄉(xiāng)。

1954年成立芹溪初級(jí)社。

1956年與外洋馬村合辦芹溪高級(jí)社。

1957年外洋馬村析出。

1958年冬屬壩頭管理區(qū)芹溪生產(chǎn)隊(duì)。

1961年改建芹溪大隊(duì)，屬壩頭人民公社。

1984年全縣政社分設(shè)后，設(shè)芹溪村民委員會(huì)，屬壩頭鄉(xiāng)。

2001年行政區(qū)劃調(diào)整，撤銷壩頭鄉(xiāng)，改屬亭旁鎮(zhèn)。